根据2009年年初下发的《目标责任书》的要求，中心于2010年1月4-7日对各科室疾控工作目标任务完成情况进行了考核。此项考核工作旨在进一步加强疾控工作绩效管理，推进和完善目标管理，并以此为抓手推动中心各学科高效、协调、科学、全面发展。
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为科学、有序的开展年度考核工作，中心领导高度重视，在中心主任办公会上专题研究、专题部署，成立了中心主任为组长的考核领导小组，中心领导班子成员分别带队，根据各科室共性和个性目标任务，科学安排考核程序。考核组深入各科室，现场听取工作汇报、职工个人的工作总结和评估工作业绩，同时注意收集科室和职工的意见建议，为来年疾控工作的规范化、科学化、制度化建设打下基础。
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考核结果初步显示，2009年中心各科室和全体职工面对疾控机构职能调整、疾控工作绩效考核、重大疾病防控以及能力建设等各项重大挑战和任务，各科室齐心协力、克服困难，出色地完成了年初下达的目标任务，呈现了社会效益、服务形象明显提升，经济效益创历史新高的发展局面。同时通过此次考核也发现了一些问题，如科室管理、科研培训管理、区县规范化指导方式和效果、职工劳动纪律、科室团结协作等共性和个性的问题。2010年，中心将针对这些不足，进一步加强目标责任、制度和科研、职能管理，以“围绕一个中心、加强三个建设、开展五项重点工作、落实好七项措施”为工作目标，团结奋斗、努力拼搏，将我们的事业推向一个新的发展历程，共创更加美好的明天。
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