围绕“做响、做亮、做精、做强”和创建一流疾控中心的发展目标，中心提出通过科研带动能力建设的发展模式，并结合省卫生厅标准化建设等级评审对科研能力的相关要求，在实际工作中大力开展科学研究和新技术开发与应用，取得了丰硕成果。
《自贡市肺结核患者流行菌株基因分型与耐药性研究》项目成果具有极大的创新性，填补了国内空白，达到国内领先水平，获得了四川省医学科技奖二等奖、自贡市科技进步一等奖；《自贡市极薄煤层煤矿煤工尘肺流行病学特点及控制对策研究》项目获得自贡市科技进步三等奖；《非结核分枝杆菌肺病病原学与流行病学监测研究》项目获得省卫生厅立项；《致病性艾伯特埃希菌（E. albertii）人、畜、禽带染状况监测研究》和《非结核分枝杆菌肺病病原学与流行病学监测研究》两个项目已申报市科技局科研课题，并通过初审。《肠产毒性大肠杆菌stIb毒力基因的检测在突发公共卫生事件中的应用》、《自贡市城区蝇类季节消长规律及种群鉴定》、《婴幼儿食品和乳品中维生素B6测定方法的改进和优化》等3个新技术项目通过了市卫生局初审，评审材料正在进一步完善中。
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